Kooperationsverbund „Förderung besonderer Begabungen“: 
Seit dem 11. Juni 2013 gehört das Anna-Sophianeum dem Kooperationsverbund zur Förderung von Kindern mit besonderen Begabungen an. In diesem Verbund sind außerdem die Kindertagesstätten St. Ludgeri sowie das Gymnasium Julianum organisiert. Darüber hinaus ist das Anna-Sophianeum seit 2024 Transferschule in der zweiten Phase des LemaS-Projektes. LemaS ist ein Projekt, bei dem unser Verbund mit drei weiteren Schulen mitmacht. Link: Kooperationsverbund „Hochbegabung fördern“

paläon GmbH, Stiftung Zukunft Wald: 
Seit dem 10. Juni 2013 besteht eine Kooperation für das waldbezogene Umwelt- und Nachhaltigkeitsprojekt „Schulwälder gegen Klimawandel – ‚Pflanzt nicht Worte, sondern Bäume!‘ – Schulwälder für Generationen.“ Das Anna-Sophianeum pflegt für 30 Jahre den auf dem Flurstück 334/5 der Gemarkung Schöningen auf dem Gelände des paläon angepflanzten Schulwald und betreibt dort seine in den Unterricht eingebettete waldökologische Umweltbildung. Links: Schulwald, paläon, Schulwälder gegen Klimawandel

Stadt Schöningen:
Seit dem 15. März 2010 besteht eine grundsätzliche Kooperation mit der Stadt Schöningen, insbesondere bei gegenseitigen Arbeitsgemeinschaften und Veranstaltungen der Jugendpflege. Link: Stadt Schöningen

Grundschulen in Schöningen, Heeseberg, Offleben sowie die Realschule und die Eichendorffschule in Schöningen: 
Seit dem 01. August 2010 besteht eine Zusammenarbeit in den Bereichen der Übergänge, gemeinsame Fachsitzungen und Absprachen, intensiver gegenseitiger Informationsaustausch, gegenseitige Hospitationen der Lehrkräfte.

Turn-Club Schöningen von 1898 e.V.: 
Seit dem 30.07.2010 besteht eine Kooperation zur Förderung des Sports und der Entwicklung eines aktiven Freizeitverhaltens.

Kreismusikschule Helmstedt: 
Seit dem 10. August 2009 kooperieren die Musikschule und das Gymnasium im Bereich der Musikausbildung für das Schulorchester und die Bläserklassen. Link: Kreismusikschule Helmstedt

DLRG Ortsgruppe Schöningen e.V.: 
Seit dem 01. Dezember 2010 besteht eine Kooperation zur Förderung der Schwimmausbildung.

Golf- und Land-Club St. Lorenz Schöningen: 
Seit dem 01. April 2010 besteht eine Kooperation zur Förderung des Golfsports. Link: Golf- und Land-Club St. Lorenz Schöningen

Stern-Musikschule in Schöningen:
Seit dem 01. August 2011 besteht eine Kooperation zur Förderung der Musikausbildung im Ganztagsbereich. Link: Stern Musikschule Schöningen