Kooperationsverbund „Förderung besonderer Begabungen“: 
Seit dem 11. Juni 2013 gehört das Anna Sophianeum dem Kooperationsverbund zur Förderung von Kindern mit besonderen Begabungen an. In diesem Verbund sind außerdem die Kindertagesstätten Walpurgis und St. Ludgeri, die Grundschulen St. Ludgeri, Lessing und Ostendorf sowie das Gymnasium Julianum organisiert. Link: Kooperationsverbund „Hochbegabung fördern“

paläon GmbH, Stiftung Zukunft Wald: 
Seit dem 10. Juni 2013 besteht eine Kooperation für das waldbezogene Umwelt- und Nachhaltigkeitsprojekt „Schulwälder gegen Klimawandel – ‚Pflanzt nicht Worte, sondern Bäume!‘ – Schulwälder für Generationen.“ Das Anna-Sophianeum pflegt für 30 Jahre den auf dem Flurstück 334/5 der Gemarkung Schöningen auf dem Gelände des paläon angepflanzten Schulwald und betreibt dort seine in den Unterricht eingebettete waldökologische Umweltbildung. Links: Schulwald, paläon, Schulwälder gegen Klimawandel

Stadt Schöningen:
Seit dem 15. März 2010 besteht eine grundsätzliche Kooperation mit der Stadt Schöningen, insbesondere bei gegenseitigen Arbeitsgemeinschaften und Veranstaltungen der Jugendpflege. Link: Stadt Schöningen

Grundschulen in Schöningen, Heeseberg, Offleben sowie die Realschule und die Eichendorffschule in Schöningen: 
Seit dem 01. August 2010 besteht eine Zusammenarbeit in den Bereichen der Übergänge, gemeinsame Fachsitzungen und Absprachen, intensiver gegenseitiger Informationsaustausch, gegenseitige Hospitationen der Lehrkräfte.

Turn-Club Schöningen von 1898 e.V.: 
Seit dem 30.07.2010 besteht eine Kooperation zur Förderung des Sports und der Entwicklung eines aktiven Freizeitverhaltens.

Kreismusikschule Helmstedt: 
Seit dem 10. August 2009 kooperieren die Musikschule und das Gymnasium im Bereich der Musikausbildung für das Schulorchester und die Bläserklassen. Link: Kreismusikschule Helmstedt

DLRG Ortsgruppe Schöningen e.V.: 
Seit dem 01. Dezember 2010 besteht eine Kooperation zur Förderung der Schwimmausbildung.

Golf- und Land-Club St. Lorenz Schöningen: 
Seit dem 01. April 2010 besteht eine Kooperation zur Förderung des Golfsports. Link: Golf- und Land-Club St. Lorenz Schöningen

Stern-Musikschule in Schöningen:
Seit dem 01. August 2011 besteht eine Kooperation zur Förderung der Musikausbildung im Ganztagsbereich. Link: Stern Musikschule Schöningen